인기 있는 모바일 게임인 해리 포터: 호그와트 미스터리에서 팬들은 수락 편지를 받고 캐릭터를 생성해 호그와트 스쿨 오브 위치크래프트 앤드 위저드리에 다닌다. 게임 플레이어들은 의식행사에 참가하고 교과서를 플로리쉬와 블로츠 서점에서 사 모으는 일에서부터 맥고나골, 플릿윅, 스네이프 같은 덕망 있는 교수의 교실에 들어가 강의를 듣는 등 일상적인 생활을 한다. 게임의 5학년 콘텐트가 오늘 개시됨에 따라 플레이어들은 호그와트 학교에 다시 등교해 신비스러운 일이 새로 벌어지는 그 어느 때 보다 가장 신나는 한 해를 시작하게 된다.
플레이어들은 5학년이 되어 호그와트 학교에서 그 어느 때 보다 가장 열심히 공부하고 교과 과정에서 중요한 성적을 올리는 한 해를 보낸다. 4학년에 반장이 된 플레이어들은 이 게임에서 새로 마련된 반장 욕실을 사용하면서 반장 역할을 수행하게 된다. 하지만 모든 5학년 학생들은 반장 배지를 받는 것 보다 더 어려운 시험인 평상시 마법사 등급 시험을 치러야 한다.
5학년 수업이 진행됨에 따라 플레이어들은 녹턴 앨리 같은 매우 위태로운 지역을 살펴 보면서 - 그리고 장난스럽게 - 새로운 구역으로 들어가게 된다. 플레이어들은 학교로 돌아와서 찬사를 받지만 전설적으로 장황하게 말하는 마법의 역사 교수인 커스버트 빈스 등의 수업을 받고, 새로운 어둠의 마법 방어술 교수의 신원을 밝히게 된다. 플레이어들은 교실 밖으로 나와 웨즐리 부족 사람들과 마법의 세계에서 온 다른 낯 익은 사람들과 함께 통로를 지나간다.
